10.8でいろんな研究環境を整える

unix root mac ruby geant4 heasoft

OSかわって新しく環境構築するたびにハマったりハマらなかったりするから念のためうまくいったパターンを書いとこうと思う。

ROOT ROOT a Data analysis Framework | ROOT a Data analysis Framework

コンパイルする。

$ ./configure macosx64
make -jn

.bash_localに

. ${soft}/root/bin/thisroot.sh
alias root="root -l"

とかく。
これで成功した。

Geant4 Overview | geant4.web.cern.ch

$ brew install qt
$ brew install xerces-c

したあとに

$ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../geant4.9.6.p02-install -DGEANT4_INSTALL_DATA=ON -DGEANT4_USE_GDML=ON -DGEANT4_USE_QT=ON -DGEANT4_USE_OPENGL_X11=ON -DGEANT4_USE_RAYTRACER_X11=ON -DGEANT4_USE_NETWORKDAWN=ON ../geant4.9.6.p02/
$ make -jn
$ make install

として、bash_localに

export G4INSTALL=${soft}/geant4/geant4.9.6.p02-install
. ${G4INSTALL}/bin/geant4.sh

こんなのを書く。
examplesのコンパイルは通ったから多分いいんだろう。

追記: -DGEANT4_INSTALL_DATA=ONでデータをダウンロードするとなんか中途半端に全部落ちてこないことがあるみたい。
結局自分でデータを落として$G4INSTALL/share/Geant4-9.6.2/dataに置いた。

HEAsoft HEAsoft

gfortranをインストールする

$ brew install gfortran
$ cd ${soft}/heasoft-6.13/BUILD_DIR
$ ./configure --prefix=/Users/yutoichinohe/soft/heasoft-6.13/ > config.out 2>&1 &
$ make > build.log 2>&1 &
$ make install > install.log 2>&1 &

.bash_localに

export HEADAS=${soft}/heasoft-6.13/i386-apple-darwin12.3.0
alias heainit=". ${HEADAS}/headas-init.sh"

って書く。解析始める前にheainitって打つ。

ds9 Home
も入れる。
バイナリダウンロードしてきて
.bash_localを

export HEADAS=${soft}/heasoft-6.13/i386-apple-darwin12.3.0
# alias heainit=". ${HEADAS}/headas-init.sh"
function heainit()
{
    . ${HEADAS}/headas-init.sh
    export LC_CTYPE="en_us.UTF-8"
    alias ds9="${soft}/ds9/ds9"
}

こんなかんじに書き換える。

CALDB The HEASARC CALDB

.bash_localにまず

export CALDB=${soft}/caldb

みたいのを書く。

$ brew install wget

したあとに、

$ mkdir ${work}/caldb
$ cd ${CALDB}
$ wget http://heasarc.gsfc.nasa.gov/FTP/caldb/software/tools/caldb_setup_files.tar.Z

んで.bash_localにinitializeの行を追加する。

export CALDB=${soft}/caldb
. ${CALDB}/software/tools/caldbinit.sh

caldbinit.shの下の行をコメントアウトする。

# CALDB=/FTP/caldb; export CALDB

あとはftp://heasarc.gsfc.nasa.gov/caldb/dataとかから目的のを落として$CALDB以下に置く。
ここも参考にした。
How to Install a Calibration Database

CIAO CIAO: X-ray Data Analysis Software - CIAO 4.11

ダウンロードページにあるDownload the ciao-install scriptってのを落としてくる。

$ bash ciao-install

smoke testがとおったら.bash_localに

alias ciao=". ${soft}/ciao/ciao-4.5/bin/ciao.bash"

って書いて終わり。解析始める前にciaoって打つ。

なんかciaoって打ってからds9とか使うと

Fontconfig warning: ignoring UTF-8: not a valid region tag

とかいうのがめっちゃ出たから、
#2100 (No burned in subtitles visible on Mac OSX) – FFmpeg
ここを参考にしてciaoコマンドを書き換えた。

# alias ciao=". ${soft}/ciao/ciao-4.5/bin/ciao.bash"
function ciao()
{
    . ${soft}/ciao/ciao-4.5/bin/ciao.bash
    export LC_CTYPE="en_us.UTF-8"
}

こうしたらうまくいった。

RubyROOT GitHub - odakahirokazu/RubyROOT: Ruby binding of ROOT (CERN)

書いてある通りそのまま。swigだのなんだのを入れて、

$ cd RubyROOT/
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make -jn
$ make install

RubyFits GitHub - yuasatakayuki/RubyFits: A Ruby FITS I/O library for astronomers and astrophysicists

おもに書いてある通り。
sfitsioを入れる。

$ cd /usr/local/Library/Formula
$ wget --no-check-certificate https://galaxy.astro.isas.jaxa.jp/~yuasa/documents/20130513/sllib.rb
$ wget --no-check-certificate https://galaxy.astro.isas.jaxa.jp/~yuasa/documents/20130513/sfitsio.rb
$ brew install sfitsio

してから

$ cd RubyFits/swig/
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make -jn
$ make install

この二つとも.basr_localとかに

export RUBYLIB=${HOME}/lib/ruby:${RUBYLIB}

なる環境変数を設定する必要がある。