PyFITSとかNumPyとか入れる

PyFITSを入れることにした。
NumPyがいるらしいんだけどなんか入れた覚えもないのに入ってた。

$ sudo python setup.py install

ってすると/Library/Python/2.7/site-packagesの下とかいう妙なところにインストールされる。
特に$PYTHONPATHとか追加しなくても使える。気持ち悪い。

追記

入れた覚えがないけど
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python
に入ってた。多分command line toolsとかと一緒に入るとかじゃないかな。

自分で新しくnumpyを入れるときには

$ sudo python setup.py install --record files.txt

とかやってセットアップスクリプトを動かすのがpythonの主流らしい。
インストール先は/Library/Python/2.7/site-packagesになる。
echo $PYTHONPATHとかしても見えないからよくわからないんだけど、
/System/Library/...にあるやつの方が/Library/Python/...にあるやつよりも優先度が高い。
だから.bashrcとかに

export PYTHONPATH=/Library/Python/2.7/site-packages/:${PYTHONPATH}

こんなふうに書いておかないとちゃんと新しく入れたのがロードされない。

追記の追記

せっかくだしScipy Lecture Notes — Scipy lecture notesを見習っていろいろ入れてみようと思う。
全部まとまったパッケージもあるらしいからわざわざ別に入れる必要は多分ないけど別々に入れてみる。

SciPy

githubからクローンしてくる。

$ git clone https://github.com/scipy/scipy.git
$ cd scipy
$ python setup.py build
Cythonizing sources
Processing scipy/cluster/_vq_rewrite.pyx
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ImportError: No module named Cython.Compiler.Main
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/yutoichinohe/soft/scipy/tools/cythonize.py", line 188, in <module>
    main()
  File "/Users/yutoichinohe/soft/scipy/tools/cythonize.py", line 184, in main
    find_process_files(root_dir)
  File "/Users/yutoichinohe/soft/scipy/tools/cythonize.py", line 176, in find_process_files
    process(cur_dir, fromfile, tofile, function, hash_db)
  File "/Users/yutoichinohe/soft/scipy/tools/cythonize.py", line 153, in process
    processor_function(fromfile, tofile)
  File "/Users/yutoichinohe/soft/scipy/tools/cythonize.py", line 80, in process_pyx
    raise Exception('Cython failed')
Exception: Cython failed
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 230, in <module>
    setup_package()
  File "setup.py", line 223, in setup_package
    generate_cython()
  File "setup.py", line 159, in generate_cython
    raise RuntimeError("Running cythonize failed!")
RuntimeError: Running cythonize failed!

失敗した。
Installing Cython — Cython 3.0a0 documentation
ここを参考にまずhttp://cython.org:Cythonを入れる。

$ cd Cython
$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install --record files.txt

これでCythonが入る。もう一回SciPyインストールをやり直す。

$ cd scipy
$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install --record files.txt

Matplotlibも全く同じように入れられた。